Локально-нормативные акты, обязательные для каждой компании:

Правила внутреннего трудового распорядка (ст. 189, 190 ТК РФ)
Инструкция по охране труда (ст. 212, 357 ТК РФ)
Положение о защите персональных данных работников (п. 8 ст. 86, абз. 4 части первой чт. 88 ТК РФ)
Положение об оплате труда и премировании работников (ст. 135 ТК РФ)

Организационные документы, обязательные для ведения в каждой компании:

Штатное расписание (форма Т-3) (ст. 57 ТК РФ)
График отпусков (форма Т-7) (ст. 123 ТК РФ)
Табель учета рабочего времени (форма Т-12) (ст. 91, 99 ТК РФ, п. 1.2 Постановления Госкомстата России от 05.01.2004 №1)

Документы, подтверждающие и сопровождающие трудовую деятельность работников:

Трудовой договор со специалистом (ст. 56, 57, 67 ТК РФ)
Договор о материальной ответственности (ст. 244 ТК РФ)
Приказ о приеме на работу (форма Т-1)
Приказ о приеме на работу на основное место с частичной занятостью
Приказ о приеме на работу по-совместительству
Личная карточка (форма Т-2) (п. 1.1 Постановления Госкомстата России от 05.01.2004 №1)
Приказ о переводе работника на другую работу (форма Т-5)
Приказ о переводе работника на другую работу в связи с созданием отдела
Приказ о предоставлении (очередного оплачиваемого) отпуска (форма Т-6)
Записка-расчет о предоставлении отпуска работнику (форма Т-60)
Приказ о направлении работника в командировку (форма Т-9)
Командировочное удостоверение (форма Т-10)
Приказ о поощрении работника (форма Т-11)
Приказ о прекращении (расторжении) трудового договора с работником (увольнении) (форма Т-8)
Записка-расчет при прекращении действия трудового договора с работником (форма Т-61)
Образец заполнения трудовой книжки (ст. 65, 66 ТК РФ)

Особенности заполнения Трудовой книжки и Трудового договора при оформлении Генерального директора будут освещены в статье "Прием на работу Генерального директора".

Тема другой нашей статьи: "Гражданско-правовой договор VS Трудовой договор.Общее и различия".

С образцами должностных инструкций можно ознакомиться в разделе "Разработка должностных инструкций".